Edellisen kevyemmän postauksen jälkeen asiapitoisempaan. Biokemistin työ on harvemmin pelkkää märkälabraa - jotenkin tulokset pitää tulkitakin. Tähän käytetään erilaisia työkaluja. Jotkut niistä ovat maksullisia, mutta yllättäen netti on ilmaisia sovelluksia pullollaan. Osaan pitää syöttää tietoja, osa on tietokantoja, jotka antavat hämmästyttävän määrän tietoa hakusanan perusteella. Tässä lista muutamasta itseäni hyödyttäneestä ohjelmasta:
GraphPad:n nimen alla on myös tilastonhallintaohjelma, jolla saa oikein näpsäköitä kuvia aikaan. Tässä on kyseessä kuitenkin selainpohjainen pikalaskija. Alkuvalikko antaa erilaisia vaihtoehtoja:
Itse olen käyttänyt lähinnä Outlier-testiä (Continuous data ->Grubb's test to detect an outlier) , jolla voi arvioida onko labratuloksista jokin epäilyttävän erilainen kuin muut. Tuloksen voi saada p-arvolla 0.05 tai 0.01. Tämä tarkoitaa, että tulos on joko 95% tai 99% varmuudella luotettava.
Brain RNA-Seq on oikeastaan tietokanta, joka on koostettu selvittämällä muutoksia RNA:n määrässä hiiren aivokuoren eri solutyypeissä (artikkeli, jossa tiedot on julkaistu, löytyy täältä). Esimerkiksi, kun sisään syöttää rhodopsiinin eli silmien näköpurppuran geeninimen Rho, saa seuraavanlaista tietoa:
Ylläpitäjät: SciLifeLab, Uppsalan yliopisto ja KTH Royal Institute of Technology
Vänkä tietokanta, joka sisältää kuvia kudosnäytteistä. Ideana on kuvien avulla näyttää, mihin proteiinit sijoittuvat kudoksissa, solun sisällä, maljalla kasvatettavissa soluissa tai syöpäsoluissa.
Ylläpitäjä: Swiss Institute of Bioinformatics, BBF Center for Protein Reserach ja European Molecular Biology Laboratory
STRING on tietokanta, johon voi laittaa proteiinin nimen ja sivusto koostaa eri lähteistä siihen liittyviä proteiineja ja piirtää verkoston söpöillä pastellinvärisillä palloilla. Jos haluaa olla pro, sivustolta saa ladattua txt-tiedoston, jossa on merkitty mikä on yhteydessä mihinkin ja kuinka vahvasti. Tämän tiedoston voi sitten ladata vaikka Cytoscape-ohjelmaan, jolla saa piirrettyä pelkistetympiä kuvia. Tällaisen verkoston saa rhodopsiini:
Näitä olisi vielä vaikka kuinka! Pitää varmaan tehdä joskus kakkososa :)
Kukkahame ja lakatut varpaankynnet. Jep, kesä on täällä.
Kissa on meillä talvellakin. Sano ei kesäkissoille!
Hei kaikille täältä Kuopiosta!
Kesä on täällä ja kaikki bioblogistit ovat enemmän tai vähemmän kiirellä menossa kohti juhannuksen viettoa. Juhannus on jotenkin maaginen päivä. Sitä ennen kesä on märkä ja kylmä ja sen jälkeen alkaa oikea, lämmin kesä. Tai siltä ainakin tuntuu, kun miettii lapsuuden kesiä. Tuleva juhannus tulee olemaan täynnä lauta- ja korttipelejä. Sain vastikään synttärilahjaksi Cards against humanity -pelin kolmen lisäosan kanssa. Sitä tulee varmasti pelattua paljon.
Rentouttavaa juhannusta! Ensi viikolla jatkamme normaaleilla postauksia!
-Ninni, kesämielellä
Krista
Oli ne vielä äskön kauniita :(
Hei!
Luette juuri nyt noin viikon vanhaa viestiä allekirjoittaneelta. Päätin kirjoittaa juhannusterveiset etukäteen, koska tämän tekstin julkaisuajankohtana olen todennäköisesti a) ulkona tai b) mökillä (ja ulkona). Gradua pakertaessa, on tullut istuttua ihan tarpeeksi sisällä tietokoneen ääressä ja missattua monta kaunista alkukesän päivää (ja melkein tuomien kukkimisen, prkl! Se tuoksu on huu-maa-va). Siksi aionkin nyt toivottaa kaikille lukijoille ja kanssakirjoittajille Hyvää ja lämmintä juhannusta, täydellisesti grillattuja herkkusieniä, vapaata stressistä ja intoa työntekoon/opintoihin sitten kun ne taas jatkuvat!
Se on moro, järvi/kasvimaa/raivaussahan työmaa/frisbee-golfkenttä/geokätköily kutsuu!
-Krista, sellanen stressitön versio
Henu
Tämä juhannus meneekin Ruotsissa. Työkavereiden mukaan midsommar on täällä aika samantapainen kuin Suomessa, eli suurin osa ihmisistä viettää sen mökillä. Koko Tukholma on kuulemma juhannuksena aika kuollut, kun tukholmalaiset lähtevät muualle. Juhannus tarkoittaa minulle tälläkertaa extrapitkää viikonloppua ja poikaystävä saapuukin tänne huomenaamulla. Ruotsalaisiin midsommar-perinteisiin kuuluu myös sellaisen juhannussalon (?) koristelu ja sen ympärillä tanssiminen, joten meillä oli suunnitelmissa vierailla Skansenissa, jossa järjestetään vanhan ajan juhannustapahtuma. Lisäksi ajattelimme viikonlopun aikana käydä Uppsalassa.
Mutta lähdenkin tästä sektioimaan vielä yhdet aivot ennen vapaata. Hyvää juhannusta kaikille! :)
Hei taas! Olen nyt ollut täällä Tukholmassa vähän yli viikon ja vaikka välillä on ollut vähän koti-ikävä, olen kuitenkin viihtynyt täällä tosi hyvin.
Olen tainnut mainitakkin, mutta tämä on siis ensimmäinen kerta, kun teen harjoittelua. Lisäksi tämä on myös ensimmäinen kerta kun olen ulkomailla ihan itsekseni ja Tukholma on muutenkin ihan vieras kaupunki. Aina tuntuu, että kaikki jotka lähtee vaihtoon tai ulkomailla pidemmäksi aikaa on siellä niin cooleina ja ei tee mitään ylityhmää (tai sitten ne ei vaan koskaan kerro siitä). No en ole vielä onnistunut tuhoamaan labrassa mitään, mutta muuten sellainen normaalielämä on ollut välillä aikamoista sekoilua.
Olin tosi hermostunut joukkoliikenteenkäytöstä täällä, mutta onnekseni pääsin täältä asunnolta Karolinska Sjukhusetiin ilman mitään vaihtoja bussilla. Juttelin ohjaajani kanssa siitä, miten pääsen kulkemaan töihin ja hän sanoi, että pääsisin varmaan Tunnelbanalla (=metro) paljon nopeammin. Olen ollut Helsingin metrossa yhden kerran joskus lapsena, eikä minulla ollut oikein hajua miten metroa käytetään. Tiesin kyllä, että se on maanalla. Yritin googlata "how to use Stockholm Tunnelbana" ja "how to use metro", mutta ilmeisesti kenelläkään muulla ei ole ollut koskaan ollut samantapaista ongelmaa kuin minulla, sillä hakutuloksissa neuvottiin vaan, että tarvitset SL-kortin (vähän niinkuin bussikortti, mutta käy kaikkiin Tukholman julkisiin) ja se pitää leimata. Menin sitten yhdelle metroasemalle, mutta en siltikään tajunnut yhtään mistä voi tietää, mihin suuntaan joku metro menee, ja kysyin yhdeltä kivalta vartijalta että miten pääsen Karoliiniseen ja se neuvoi, mikä metro piti ottaa, mutta en vieläkään oikein tajunnut miten sinne oikealle laiturille pääsee ja yritin vahingossa mennä sellaisesta ulosmenoportista sisään ja ihmisiä vaan tunki mun ympäriltä. Hävettää vieläkin. No sitten onneksi pääsin oikeaan metroon ja loppumatka menikin sitten onneksi hyvin ja nyt osaan kulkea myös Tunnelbanalla enkä yritä mennä sisään vääristä porteista.
Itse harjoittelu on ollut tosi opettavaista ja kivaa. Vaikka olen ollut tuolla vasta lyhyen ajan, olen oppinut ihan hirveästi siitä millaista on olla tutkija ja millaisia asioita tutkijan työhön kuuluu. Monesti ajatellaan, että tutkijana olo on puurtamista yksin labrassa, mutta ainakin täällä se on kaikkea muuta. Ryhmällä, jossa olen töissä on säännöllisiä kokouksia, jossa kaikki esittelevät mitä ovat tehneet ja millaisia tuloksia ovat saanneet ja sitten koko ryhmä miettii yhdessä miten kannattaisi seuraavaksi edetä ja mistä yllättävät tulokset saattaisivat johtua. Olen myös opetellut täällä uusia tekniikoita, kuten cryo-leikkeiden tekoa ja ELISA:a.
Olin tosi stressaantunut pari ekaa työpäivää ja jännitin ihan hirveästi, mutta nyt on vaan aina kivaa mennä töihin ja työilmapiiri on tosi mukava ja kaikki ovat tosi avuliaita. Lisäksi täällä on joka perjantaina fika eli koko meidän kerroksen työntekijät kokoontuvat yhteen juomaan kahvia ja syömään kakkuja ja sellaista. Tuo on ilmeisesti tapa kaikkialla Ruotsissa.
Mieliala vaihtelee, gradun kirjoitus takkua ja aika meinaa loppua, ulkona on niiiiiiiiin hirveän nättiä, tekee mieli siivota, voisin nukkua koko päivän... Mieli on sekaisin ku vaatekaappi (kaikki on omissa lokeroissaan, mutta pinot on sekaisin), johtuneeko menkoista vai stressistä vai keväästä - sen kun joku kertois. Siksi päätinki tehä tälläsen sillisalaattipostauksen, missä on vähä kaikkea.
Nönönönnööö, paskat tiedemiehet
... kun ette osaa edes proteiinienne rakenteita ratkaista ilman tavallisia kaduntallaajia. Tää alkuepäinen uutinenhan on jo vanha (2011), mutta se tuli taas jossain päin internettiä vastaan, ja viesti oli vähän sellanen "haha, boob scientists". Kyseessä on siis uutinen siitä, kuinka tietokonepelaajat ratkaisivat reesus-apinoilla esiintyvän AIDS:n kaltaisen viruksen proteaasin (pilkkoo muita proteiineja) rakenteen 10 päivässä FoldIt-ohjelman avulla. Rakennetta oli aiemmin yritetty ratkaista tutkijoiden toimesta proteiinikemian keinoin, mutta siinä ei oltu onnistuttu. Asia oli vaan esitetty vähän tutkijoille haistatellen siinä kyseenomaisessa postauksessa (tai sitte mieli on vaan herkällä), mutta kyllä minä mieleni niin kovasti pahoitin (no jaa, en oikeastaan, mutta vähän pisti silmään silti). Tapaus oli siis loistava, mutta postauksen esitystapa vaan oli huono.
Ainahan tieteessä ei mene kaikki kuten Strömsössä. Enemmänkin se on sääntö, että ongelmia ilmaantuu jossain vaiheessa. If it can go wrong, it will go wrong. Tässäkin tapauksessa tutkijat olivat kyllä saaneet ulos raakadataa kyseisen proteaasin rakenteesta (röntgensädediffraktometria-menetelmän avulla), mutta tämän datan käsittely ei oikein onnistunut. Yleensä raakadata käydään läpi tietokoneohjelmalla, joka käyttää raakadatan tietoa luodakseen proteiinista kolmiulotteisen rakennekuvan. Tätä yritettiin, mutta ei onnistuttu, vaikka samankaltaisia proteaaseja pystyttiin käyttämään mallina. Kyseinen proteaasi on siis entsyymi ja niistä on usein vaikeaa muodostaa rakennekuvia, kun pitää ottaa huomioon n+1 asiaa (ligandin ja substraattien pääsy entsyymin aktiiviseen kohtaan, rakenne-elementtien asettuminen, pH:n vaikutus, vesimolekyylien asettuminen jne jne).
FoldIt on siis ohjelma tai "peli", jonka avulla kuka tahansa voi valita pelin tietokantaan syötetyn proteiinimolekyylin ja muutella sitä (sidoksien pituuksia jne pieniä muutoksia) niin, että rakenteesta tulee mahdollisimman toimiva ja energiatehokas. Tämän tyyppinen optimointi ja kokonaisuuksien hallinta on vaikeaa ja työlästä tehdä tiekoneella. Siksi onkin mahtavaa, että tämä tehtävä on saatu muutettua pelimuotoon, niin moni on pelistä innostunut ja samalla voidaan edistää tiedettä. Thumbs up!
https://fold.it
Linkkejä
Yksi tiedeyhteisön hyviä puolia on kriittisyys. Artikkeleita luetaan, arvostellaan, hehkutetaan, mutta myös vedetään takaisin. Itse asiassa yllättävän usein ja vieläpä huippulehdistä (joissa kritiikin määräkin on kyllä suurempi). Jos tämä puoli kiinnostaa niin kannattaa seurata tälläistä blogia/sivustoa kuin Retraction Watch.
Ryhmätöiden tekemisessä on usein se ongelma, että ei tiedä tekeekö muut mitään tai että tehdyt jutut pitää erikseen sovittaa yhteen. Tähän löytyy ratkaisuksi ainakin Google Drive, jossa voi tehdä kaikkia perusdokumentteja (taulukko, teksti, diaesitys), jakaa niistä linkki muille ryhmäläisille ja muokata dokumentteja yhdessä reaaliajassa netin yli. Ryhmäesitysten teko yhdessä ei oo ikinä ollut näin helppoa. Kunhan siis muutkin oikeasti tekee jotain (eikä saa ryhmäänsä pelkästään lusmuja). Plussaa myös se, että dokumentti on aina saatavilla (kunhan netti löytyy) eikä esitystä voi unohtaa kotiin niinku saattaa käydä jos muistitikulla yrittää tuoda esitystä.
Tekis mieli lukea tiedejulkaisuja vähän kaikilta tieteenaloilta, mutta ei jaksa lähtä selaamaan yksittäisiä lehtiä läpi joka kuukausi ja Tieteen Kuvalehti menee jo vähän liian populääriksi luettavaksi? Ei hätää, vilkaiseppa sivustolle Science Daily. Sieltä löytyy laaja-alaisesti helppolukuisia artikkeleita, jotka kaikki perustuvat oikeisiin tiedejulkaisuihin ja viitteet on kohillaan!
Histoni täyttää vuosia!
Ensi vuosi on siis vuosijuhlavuosi ja oon ihan innoissani, koska tällä kertaa pääsen vieraaksi enkä keittiöön kuten viimeksi (vaikka sekin oli hyvä kokemus). Oon myös innoissani siitä, kun Henu ehdotti/kyseli/mietti aiemmin ruokailun yhteydessä, että pitäskö Histonin järkätä jotain tanssikertausta vujuja varten. Hep! Voin opettaa valssia ja foksia tai pitää ihan vaan yleisiä tanssikertoja, missä soi musiikki ja askelia kerrataan jos on tarve. Kuuntelin jo yhden illan hyviä harjoitusvalssikappaleita :3 Tässä on yksi:
Toinen juttu, mikä vujuista tuli mieleen on, että pitäisikö tehdä sellainen biokemia-teemainen geokätkö? Niitä ei vielä Oulun alueella ole näkynyt ja muutenkin taitavat olla aika harvinaisia. Kyseessä olisi mysteerikätkö eli koordinaatit pitäisi selvittää vaikkapa vastaamalla biokemia-teemaisiin kysymyksiin (esim. mikä on korkein laboratoroiden turvaluokitus) tai lukemalla biokemia-aiheinen tarina. Onko tää ihan tyhmä idea vai käyttiskamaa?!?!?!
-Gradupaineinen Krista
PS. Kokeilin laittaa tän tekstin ajastimella, katotaan miten käy. EI TOIMINU :/
