Edelliseen postaukseen viitaten, kyllä, olin juurikin jossain sivistyksen ulkopuolella (kutsutaan myös metsäksi). Viimeisen parin viikon aikana on tullut oltua kotona alta 4 vuorokautta ja minkään sortin älylaitteen tai tietokoneen ääressä vieläkin vähemmän (ja sekin aika meni suurimmaksi osaksi navigoidessa). Sieniä ja marjoja on sen sijaan sitten kerättynä useampi kilo!
Oikeastaan halusin kuitenkin kertoa eräästä uudesta menetelmästä,CRISPR:stä, josta on puhuttu viime aikoina paljon ja jota on hehkutettu maasta taivaaseen. Mistä siis on kyse?
Uuden ajan geenimuokkausta
Jos lukeminen ei innosta niin tsekatkaa video alta. Yksi menetelmän kehittäjistä kertoo menetelmän perusteet tarkemmin ku mitä allekirjoittanut tässä tekstissä. Video on kohtuu pitkä, mutta todella perusteellinen. Myös lähteissä oleva Naturen artikkeli on oikein hyvä (varsinki se haastattelu!).
CRISPR (lausutaan crisper) tulee sanoista clustered regularly interspaced short palindromic repeats eli kyse on lyhyistä, tasaisesti esiintyvistä toistojaksoista. Nämä toistojaksot ovat osa tiettyjen prokaryoottien hankittua immuuniteettia, missä ne toimivat ulkopuolisen DNA:n merkitsijöinä genomissa (toistojaksoa seuraa pala eksogeenistä [=ulkopuolista] DNA:ta, jota kutsutaan nimellä spacer ja, joka on usein peräisin faageista [=bakteerien virukset]). Tästä CRISPR-DNA-combosta, tuotetaan pitkä RNA-ketju, jota muokkaillaan sopivaksi (ainakin kolme eri tapaa, en käy niitä tässä nyt läpi. Lukekaa Wikipediasta) crRNA:ksi. Tämä crRNA tunnistaa sitten tarkasti soluun päässeen ulkopuolisen DNA:n pätkän, kiinnittyy siihen ja ohjaa sen hajotettavaksi Cas-proteiineille (=entsyymejä, jotka pilkkovat proteiineja). Eli sama meininki kuin meidän eukarioottien RNA interferenssissäkin.
Vaikka kyse on "uudesta" menetelmästä niin ihan tämän vuoden keksinnöstä ei ole kyse. Tiede ei toimi ihan niin nopeasti. Ensimmäisen kerran CRISPR-toistojaksot löydettin vuonna 1987 bakteerin genomia sekvensoidessa. Kuten siihen aikaan ajateltiin, tutkijat vain kohauttivat olkiaan ja totesivat toistojaksot roska-DNA:ksi. 90-luvulla vastaavia toistojaksoja löydettiin useista muistakin bakteereista ja levistä, mutta niiden merkityksestä ei vieläkään ollut mitään tietoa. Viimein vuonna 2005 huomattiin, että spacer-DNA on usein peräisin faageista tai muista ulkopuolisista lähteistä. Vuonna 2007 pystyttiin jo todistamaan, että lisäämällä bakteereihin tietyn toistojakso-spacer kombon saatiin lisättyä näiden bakteerien kestävyyttä tiettyä faagia vastaan. Sen jälkeen vauhti on ollut hurjaa. Nykyään koko CRISPR-systeemiä on muokattu niin, että sitä saadaan käytettyä niin geenien hiljentämiseen kuin aktivoitiinkin, ruokakasvien immuunipuolustuksen tehostamiseen jne, kaikilla mausteilla siis!
Mitäs hyvää tässä nyt sitten on? No, menetelmä on ainakin vielä halpa, nopea (verrattuna aiempiin) ja helppo sekä ilmeisen toimiva. Voi vaikka hiljentää useaa geeniä yhtaikaa ja käy monelle organismille (tärkeimpänä tietenki hiirelle). Lisätään päälle vielä uutuuden kiilto ja reagenssimyyjien tarjoukset niin kauden kuumimmasta transfektiomenetelmästä ei ole epäilystäkään. No entäs huonot puolet? Tiedon puute. Haittavaikutuksista ei oikein tiedetä. Halpuuden ja helppouden huono puoli on se, että kuka tahansa vähänkään pipettiä käyttävä osaa kyllä käytttää tätä menetelmää - myös väärin. Viimeksi alkukeväästä keskustelua herätti kiinalaistutkijoiden (ylläriiii!) porukka, jotka olivat käyttäneet tätä menetelmää ihmisalkioihin. Kärpäsestä tehtiin härkänen (alkiot eivät olleet alkuunkaan elinkykyisiä, menetelmää käytettiin DNA-vaurioiden luomiseen jne), mutta onhan huoli aiheellinen - ei olla kovin kaukana siitä, että alettaisiin kehittää superkyvykkäitä sotilaita tai muuttaa lapsen sukupuolta alkiovaiheessa tai ne miljoona muuta kauhukuvaa. Hui hui.
Lähteet:
- Wikipedia
- Ledford H (2015) CRISPR, the disruptor. Nature.
- Pennisi E (2015) The CRISPR craze. Science. (vaatii kirjautumisen)
-Krista
Vaikka kyse on "uudesta" menetelmästä niin ihan tämän vuoden keksinnöstä ei ole kyse. Tiede ei toimi ihan niin nopeasti. Ensimmäisen kerran CRISPR-toistojaksot löydettin vuonna 1987 bakteerin genomia sekvensoidessa. Kuten siihen aikaan ajateltiin, tutkijat vain kohauttivat olkiaan ja totesivat toistojaksot roska-DNA:ksi. 90-luvulla vastaavia toistojaksoja löydettiin useista muistakin bakteereista ja levistä, mutta niiden merkityksestä ei vieläkään ollut mitään tietoa. Viimein vuonna 2005 huomattiin, että spacer-DNA on usein peräisin faageista tai muista ulkopuolisista lähteistä. Vuonna 2007 pystyttiin jo todistamaan, että lisäämällä bakteereihin tietyn toistojakso-spacer kombon saatiin lisättyä näiden bakteerien kestävyyttä tiettyä faagia vastaan. Sen jälkeen vauhti on ollut hurjaa. Nykyään koko CRISPR-systeemiä on muokattu niin, että sitä saadaan käytettyä niin geenien hiljentämiseen kuin aktivoitiinkin, ruokakasvien immuunipuolustuksen tehostamiseen jne, kaikilla mausteilla siis!
Mitäs hyvää tässä nyt sitten on? No, menetelmä on ainakin vielä halpa, nopea (verrattuna aiempiin) ja helppo sekä ilmeisen toimiva. Voi vaikka hiljentää useaa geeniä yhtaikaa ja käy monelle organismille (tärkeimpänä tietenki hiirelle). Lisätään päälle vielä uutuuden kiilto ja reagenssimyyjien tarjoukset niin kauden kuumimmasta transfektiomenetelmästä ei ole epäilystäkään. No entäs huonot puolet? Tiedon puute. Haittavaikutuksista ei oikein tiedetä. Halpuuden ja helppouden huono puoli on se, että kuka tahansa vähänkään pipettiä käyttävä osaa kyllä käytttää tätä menetelmää - myös väärin. Viimeksi alkukeväästä keskustelua herätti kiinalaistutkijoiden (ylläriiii!) porukka, jotka olivat käyttäneet tätä menetelmää ihmisalkioihin. Kärpäsestä tehtiin härkänen (alkiot eivät olleet alkuunkaan elinkykyisiä, menetelmää käytettiin DNA-vaurioiden luomiseen jne), mutta onhan huoli aiheellinen - ei olla kovin kaukana siitä, että alettaisiin kehittää superkyvykkäitä sotilaita tai muuttaa lapsen sukupuolta alkiovaiheessa tai ne miljoona muuta kauhukuvaa. Hui hui.
Lähteet:
- Wikipedia
- Ledford H (2015) CRISPR, the disruptor. Nature.
- Pennisi E (2015) The CRISPR craze. Science. (vaatii kirjautumisen)
-Krista
Ei kommentteja:
Lähetä kommentti