Väitetään, että hyvä biokemisti tuntee aminohappojen yksi- ja kolmekirjaimiset lyhenteet sekä osaa piirtää vähintään kaikki 20 luonnollista aminohappoa tuosta vaan ulkomuistista. Tästä syystä niitä myös jankataan biokemian kursseilla aika ajoin. Aminohappojen nimissä on suurta vaihtelua eivätkä ne yksi- ja kolmekirjaimiset lyhenteetkään aina mene ihan loogisesti. Tästä syystä niiden ulkoa opettelu ei aina mene kuten Strömsössä. Mistä tämä sitten johtuu, miksei ole kehitetty jotain helpompaa ja loogisempaa systeemiä aminohappojen nimille? Tässä hieman historiaa aminohappojen nimien takaa.
Aminohappojen löytäminen
Saffranin artikkeli vuodelta 1998 (Amino acid and parlor games: from trivial names to a one-letter code, amino acid names have strained students' memories. Is a more rational nomeclature possible? Biochem Educ. 26, p. 116-18) kuvaa lyhyesti, mutta silti yllättävän kattavasti aminohappojen nimeämisen logiikkaa ja historiaa sekä ehdottelee parannusideoita nimeäniseen. Kannattaa vilkaista jos kiinnostaa.
Suurin osa aminohapoista (18 kpl) on pystytty eristämään ja tutkimaan jo 1800-luvulla pääasiassa saksalaisten tutkijoiden toimesta. Tämän ajan menetelmät proteiinien hajotukseen oli kohtalaisen kova: keittäminen joko hapossa tai emäksessä. Tästä syystä kahden aminohapon löytäminen jäi seuraavalle vuosisadalle, koska eiväthän sen ajan tutkijat arvanneet, että kyseinen käsittely saattaisi hajottaa myös aminohappoja.
Jotain logiikkaa aminohappojen nimien takaa
Let's face it, paras logiikka aminohappojen nimien takana on loppuliite -iini, joka tulee sanasta amiini. Typpiryhmähän löytyy jokaisesta aminohaposta. Muutoin nimi viittaa yleensä lähdemateriaaliin, erikoispiirteeseen tai kemialliseen rakenteeseen.
 |
| Juustoa, parsaa ja vehnää - niistä on pienet aminohapot eristetty! |
Alaniini - Tämän aminohapon ajateltiin sisältävän aldehydi(AL)-ryhmän, vaikka näin ei ollut. Nimi jäi silti.
Arginiini - Eristettynä muodostaa vaaleita, hopeisena kimaltavia kiteitä. Etuliite tulee kreikan hopeaa tarkoittavasta sanasta, argyros.
Asparagiini ja aspartaatti - Molemmat eristettiin alunperin parsan (engl. asparagus) mehusta.
Fenyylialaniini - Nimi perustuu kemialliseen rakenteeseen: bentseeniryhmä (engl. phenyl), joka on kiinnittynyt alaniiniin.
Glutamiini ja glutamaatti - Molemmat eristettiin alunperin vehnäproteinista, gluteiinista.
Glysiini - Maistuu makealta, etuliite gly(glu) tulee kreikan makeaa tarkoittavasta sanasta, glykos.
Histidiini - Eristettiin alunperin kudoksista. Etuliite tulee kreikan kudosta tarkoittavasta sanasta, histos.
Isoleusiini - Nimi perustuu kemalliseen rakenteeseen tai oikeammin ajatukseen siitä, että isoleusiini on leusiinin isomeeri (sama molekyylikaava, eri rakenne).
Kysteiini - Eristettiin alunperin virtsasta ja virtsahan tulee virtsarakosta, tai kuten aikoinaan kyseistä elintä nimitettiin, kystasta (engl. cyst).
Leusiini - Eristettynä muodostaa valkoisia kiteitä. Etuliite tulee kerikan valkoista tarkoittavasta sanasta, leukos.
Lysiini - Eristettiin alunperin hajoamassa (lyysi) olevista kudoksista.
Metioniini - Nimi perustuu kemialliseen rakenteeseen: ME (metyyli) + TIO (rikki) +N + IINI (amiini).
Proliini - Nimi perustuu kemialliseen rakenteeseen: PyrROL (pyrroliinirengas) + IINI (amiini).
Seriini - Eristettiin alunperin silkkiin kiinnittyvästä proteiinista. Etuliite tulee latinan silkkistä tarkoittavasta sanasta, sericus.
Treoniini - Nimi perustuu kemialliseen rakenteeseen: Rakenne muistuttaa tiettyä sokeria, treoosia (engl. threose). Toinen myöhemmin löydetyistä aminohapoista!
Tryptofaani - Toinen myöhemmin löydetyistä aminohapoista ja siitä syystä myös nimikin perustuu vähän erikoiseen asiaan, nimittäin proteiinin hajotuksessa käytettyihin entsyymeihin: TRYP (trypsiini) + T (pepTiini-entsyymi) + OFAANI (täysin keksitty liite, sama kuin sellofaanissa).
Tyrosiini - Eristettiin alunperin juustosta. Etuliite tulee kreikan juustoa tarkoittavasta sanasta, tyros.
Valiini - Nimi perustuu kemialliseen rakenteeseen: VAL(valeriinihappo) + IINI (amiini).
Ei kommentteja:
Lähetä kommentti