keskiviikko 17. elokuuta 2016

Aikamatka ulkomaille


Hob... Memmutti - sinne ja takaisin 

Tässä kaksi päivää interreililtä palattuani on hyvä sulatella tuntemuksia. Kävin siis kahden viikon kesälomalla reilaamassa Saksa-Slovenia-Itävalta -akselilla. Aloitin Jenasta ja lopetin Wieniin, koska niissä minulla on eniten keski-eurooppalaisia kavereita, joita kävin tervehtimässä. 

Jena. Vuosi sitten kotiuduin Jenasta 8 kuukauden jälkeen takaisin Suomeen. Tuona gradulabra-aikana luonnollisesti ehdin tutustua mukaviin ihmisiin ja sen labran käytäntöihin. Nyt näin muutamia entisiä "työkavereita" ja paljon on ehtinyt vuodessa muuttua. Ihmiset vaihtuneet (tai ainakin osa), tilat vaihtuneet ja ilmapiiri vaihtunut. Oli mielenkiintoista kuulla ja kuvitella miten erilaista omakin elämä olisi, jos olisinkin jäänyt vielä kirjoittamaan graduni Saksaan tai muuten töihin. Sattumalta eräs suomalainen tutkija, joka oli 2 kk yhtä aikaa kanssani Jenassa, oli nyt myös käymässä. Hänen kanssaan oli mukava rupatella tiedemaailmasta ja ulkomailla olemisesta näin suomalaisten näkökulmasta. Me molemmat palasimme Jenan jälkeen Suomeen, mutta nyt hän on lähdössä muutamaksi vuodeksi rapakon taa töihin. Respect. Tapasin myös muutaman nyt graduaan tekevän saksalaisen ja juttelimme valmistumiskriisistä ja työelämään siirtymisestä. Kasvukysymyksiä siis ilmassa.

Ja sitten niistä muistoista! Kyllä Jena oli edelleen kaunis kaupunki ja ihmiset ihania, mutta minulle se ei tuottanut suurta kaipausta, kuten viimeksi Wien. Silti Jenassa on vahvat perinteet tieteen (varsinkin biotekniikka/optiikka/fysiikka) tekemisestä ja voin lämpimästi suositella opiskelijakaupunkia kaikille, jotka haluaisivat kokea saksalaista kulttuuria, mutteivät mennä miljoonakaupunkeihin. Jena on turvallinen about Oulun kokoinen, mutta tiiviimmin asuttu, lämminhenkinen elävä kaupunki.

Vanha kuva, kun tällä reissulla keskityin ihmisten tapailuun.

#Matkan varrella kävin myös Deutches Museumissa Münchenissä. Erittäin mukava ja iso museo, mutta itse kiersin lähinnä farmasian ja bioteknologian osastot, jotka jo tiesin. Voisin suositella kaikille, jotka harkitsevat biokemiaa ja kaipaavat kosketusta mitä kaikkea se voi pitää sisällään. Hyvin olivat popularisoineet ja mm. aspiriinin kipua hellittävä mekanismi tuli selville! Oli myös mielenkiintoinen Ginkgo-video, jossa se prosessoitiin ja tehtiin luontaistuote. Sitten tuli itselle yllättävä ilmiö vastaan! Museosta sai ostettua olutta, niin saksalaista!#

Memmu ja mitokondrio -selfie, yolo
Matkan viimeinen etappi oli tuttu ja turvallinen Wien. Siitä on jo 3 vuotta, kun palasin Wienistä Suomeen. Wienissä asuin 5 kk eli yhden Erasmus-vaihdon ajan. Tapasin nyt jälleen vanhoja vaihtokavereitani, sekä muutamia itävaltalaisia kavereitani. Oli mukava kuulla kurssikavereiden edenneen tekemään väikkäriä, tosin eräs ei-kurssikaveri, vaan paras-itis-kaveri, kirjoitti vieläkin graduaan (siellä tyylinä on 9 kk labraa +  3 kk kirjoitusta, mutta hänellä venyi - ei olla siis ainoita Suomessa keillä voivat opinnot venyä!). Siinä sitten mietittiin hänenkin kanssaan tulevaisuutta, mutta hänelllä ei ole pelkoa työllistymisen suhteen, kun asuu Wienissä, jossa biotieteet ovat korkealla. Jälleen kasvukysymyksiä. Kunnon itsetutkiskelumatka kavereiden näkemisen lisäksi. Tällä hetkellä olen kyllä tyytyväinen omaan tilanteeseeni projektitutkijana maisterin papereilla :)

Muistoja: Wien oli kuten aina ennenkin - kaunis ja välillä sateinen ja välillä liian kuuma! Ihania ihmisiä, mutta kuten Jenakin - ei minun kaupunkini. Wieniä voin suositella kyllä nuorille opiskelijoille, sillä kaupungissa riittää hulinaa ja monenlaisia puistoja ja kulinaristisia elämyksiä ja kaikkea! Helppo ja turvallinen kaupunki. Myös lapsiperheille voin suositella Wieniä. Vaan itselle se on liian iso/tiiviisti asuttu kaupunki. Mukava käydä, mutten haluaisi asua.

Tällaisia mietteitä tällä kertaa! Jos kasvukysymykset kiinnostavat, niin ottakaa yhteyttä allekirjoittaneeseen - pohditaan yhdessä :)

Liebe Grüsse,
Memmu

keskiviikko 10. elokuuta 2016

Lehmä nimeltään Huomen


Yksi tämän blogin perustamiseen sysäävä tekijä oli halu kertoa biokemian opiskelusta nimenomaan Oulussa. Otsikon alla lukee vieläkin ”Oululaisten biokemistien ja biokemistiopiskelijoiden mietelmiä”. Vaikka pidän Oulua (vielä) henkisenä kotinani, täytyy minun pikkuhiljaa totutella ajatukseen, että olen nyt Itä-Suomen yliopiston leivissä. Välillä tuntuu että me A.I. Virtanen Insituutin väki olemme ylhäisessä yksinäisyydessä erillään muusta Kuopion kampuksen väestä. Tämä on fyysisessä mielessä ihan totta, sillä olemme kampusalueen laidalla omassa rinteen rakennetussa Bioteknia-rakennuksessa. Uuteen identiteettin tottuakseni päätin kertoa jostain hyvin aivilaisesta. AIVI ylpeilee huippututkimuksella, mutta Bioteknian pääovesta sisään astuttaessa vastassa ole marmoria tai muuta krumeluuria, vaan täytetty lehmä.

Kyllä. Täytetty lehmä.

Kyseessä ei ole mikä tahansa lehmä, vaan aito ja alkuperäinen Huomen. Huomenen ja AIVI:n historia ovat toisissaan kiinni, eikä yhtä olisi ilman toista. Ymmärtääkseen täytetyn lehmän alkuperän täytyy mennä ajassa taaksepäin muutamia vuosikymmeniä.

Tieteessä rakastetaan suuria voimahahmoja. Tämänkertaisen tarinan aloitamme professori Juhani Jänteestä. 80-luvun lopussa ja 90-luvun alussa elettiin bioteknologiabuumia, jonka nosteessa silloiseen Kuopion yliopistoon perustettiin vuonna 1987 bioteknologian professuuri, jonkä Jänne sai. Jännettä on kiittäminen sekä A.I. Virtanen –intituutista, että Huomen-lehmästä, mutta tarinaan liittyy paljon muutakin.

Neuvostoliiton romahtamista seuranneen 90-luvun laman aikaan bioteknologian piti nostaa Suomi jaloilleen. Kaikki yrittivät kuumeisesti löytää ”uutta nokiaa” aikana ennen Nokiaa. No lopultahan Suomen nosti lamasta juurikin Nokia, mutta alunperin Suomesta piti tulla aivan erilaisia innovaatioita. Piti parantaa syöpä, piti parantaa aids. Kuopiossa panostettiin tosissaan bioalan tutkimukseen ja vuonna 1989 perustettiin hammaslääketieteen kuoppaamisesta saaduilla kompensaatiorahoilla yliopiston kruununhelmi, biotieteen tutkimusinstituutti, joka nimettiin vaatimattomasti nobelisti A.I. Virtasen mukaan. Kuohuvia päästiin nauttimaan jo 1993 kun Professori Jänteen ideoimana ja suurten odotusten saattelemana Kuopion yliopiston eläinlääketieteellisessä koe-navetassa syntyi Pohjoismaiden ensimmäinen siirtogeeninen vasikka, jonka oli tarkoitus tuottaa maitorauhasissaan erytropoietiinia, eli EPO:a. EPO:n avulla voidaan hoitaa muun muassa munuaisen vajaatoiminna aiheuttamaan anemiaa. ”Kultaiselle vasikalle” annettiin mahtipontinen nimi Huomen.

Huomenta on hyvästä syystä pidetty aikansa symbolina. Lehdistö paisutteli lääkemaidon mahdollisuuksia (”miljardi markkaa kilo” –kirjoitti Helsingin Sanomat) ja useampia yrityksiä perustettiin lääkelehmien ympärille. Kuopioon virtasi sekä yksityistä että julkista rahaa. Professori Jänne sai 1994 Matti Äyräpään palkinnon, joka on Suomen arvostetuin lääketieteellisen tutkimuksen palkinto.

Kuten arvata saattaa, juhlaa ei jatkunut kauaa. Vuosituhannen loppua kohti tultaessa Suomessa alettiin muun maailman malliin kritisoida geeniteknologiaa epäeettisyydestä. Samaan aikaan Huomenta ei uskallettu tiineyttää, koska pelättiin, että siirtogeenikontruktio leviää  seuraavalla sukupolvella maitorauhasista muuhun kehoon. Monet bioteknologia-yritykset ajautuivat toimivan tuottteen puuttuessa rahallisiin vaikeuksiin. Huomen kärsi ylipainosta ja nivelvaivoista, joten se jouduttiin lopettamaan syksyllä 2001.

Huomen lehmä täytettiin, ja nykyään se seisoo Bioteknian ala-aulassa makaaberina muistutuksena ajasta jolloin bioteknologian piti pelastaa Suomi. Huomenen tarina ei kantanut pitkälle, mutta sen tuoma hetkellisen menestyksen ansiosta Kuopiolla oli nyt kokonainen tutkimusinstituutti täynnä genetiikan huippuosaamista. Joitakin yrityksiä kaupallistaa osaamista on ollut myöhemminkin, näistä kuuluisimpana professori Seppo Ylä-Hertualan geenilääkettä tuottava Ark Therapeutics, joka yritti tuota markkinoille ensimmäistä geenilääkettä. Toistaiseksi yritys ei ole onnistunut saamaan lupaa lääkkeen myyntiin, mutta Ylä-Herttuala jatkaa edelleen tutkimustaan. Instituuttilla on maailman huippua oleva kuvantamisyksikkö ja viimeisimmässä strategiassaan Itä-Suomen yliopisto valikoi neljän tärkeimmän painotusalueensa joukkoon kaksi AIVI:n nykyistä vahvuutta, kardiovaskulaarisen ja metabolisen tutkimuksen sekä neurotieteet. Instituutilla on tällä hetkellä 14 tutkimusryhmää, sekä kaksi akatemiaprofessuuria.

Tämän viimeisimmän laman alussa joku yritti taas huudella biotieteistä löytyvän uusi Nokia. Eipä sellaista ole vielä kuulunut. Pari kuukautta sitten Huomen siirrettiin paraatipaikaltaan vähän syrjemmälle portaikon alle. Olikohan kyseessä symbolinen yritys siirtää menneisyyden haamu pois uuden, paremman innovaation tieltä?

-Ninni 
Huomen vanhalla paikallaan. Kuva otettu kun allekirjoittanut tuli aikanaan Kuopioon haastateltavaksi. Pakkohan tuosta oli ottaa kuva, hämmensi sen verran paljon.




Kiinnostuneille (samalla lähteet):
AIVI:n etusivu: https://www.uef.fi/en/web/aivi
AIVI:n tutkimusryhmät: https://www.uef.fi/en/web/aivi/research
Itä-Suomen yliopiston strategisia painopisteitä: https://www.uef.fi/en/research/top-level-areas
Matti Äyräpää -palkinnon saajat kautta aikain (bongaa Oululaiset?): https://fi.wikipedia.org/wiki/Matti_%C3%84yr%C3%A4p%C3%A4%C3%A4n_palkinto
Huomen ikioma Wikipedia-artikkeli: https://fi.wikipedia.org/wiki/Huomen-lehm%C3%A4
Erytropoietiinista (ketäpä ei EPO kiinnostaisi, eiku..): https://fi.wikipedia.org/wiki/Erytropoietiini

keskiviikko 3. elokuuta 2016

Mustikkamuffini-resepti (ainakin melkein)

Hei hoi! Aion aluksi kirjottaa teille mustikoista, koska nyt niitä saa ja niiden väriin liittyy monta hauskaa biokemiallista ominaisuutta, joista olisin voinut praatata. Mutta sitten menin aloittamaan PudMedointia hakusanalla "blueberry" jolloin PubMed alkaa automaattisesti ehdotella muita sanoja, tällä kertaa se ehdotti sanoja "blueberry muffin". Mutta hetki pieni, miksi lääketieteellisen tutkimuksen hakemistosta löytyy mustikkamuffinireseptejä?!?!? WTF! Totuus olikin taas tarua ihmeellisempi.

Purppuraisia leesioita leukemiaa sairastavalla lapsella, Mehta et al.
Tummanpunainen näppy, punasoluja muodostumassa, Mehta et al.
Blueberry muffin tai tarkemmin blueberry muffin baby/syndrome viittaa tilaan, jossa vastasyntyneellä tavataan ihottumaa, joka muodostuu purppuraisista, selvärajaisista näppylöistä torsossa, raajoissa ja kasvoissa ja joka ei häviä painamalla ihottuma-aluetta. Tämä ihottuma johtuu punasolujen muodostumisesta verinahassa, mikä on epänormaalia sillä yleensä vastasyntyneellä verisolujen muodostus on jo siirtynyt luuytimen hoidettavaksi. Ihottuma helpottaa yleensä 3-6 viikon kuluessa syntymästä eikä elinikäisiä merkkejä jää.

Ensimmäinen julkaisu mustikkamuffini-ihottumasta on vuodelta 1925 (Dietrich). Mustikkamuffinivauvat on yhdistetty jo aikaisessa vaiheessa (1960-luku, amerikkalaiset tutkijat) vahvasti vihurirokkoon sairastumiseen sikiöaikana ja nykyään mukaan liitetään muutkin sikiöajan virusinfektiot niin sanotusta TORCH-syndroomasta (engl. toxoplasmosis, other, rubella, cytomegalovirus, herpes) sekä verisairaudet kuten leukemia. Mustikkamuffini-ihottumasta löytyy myös paljon potilaskertomuksia joissa tämä tila on yhdistetty mm. äidin raskauden aikaiseen anemiaan. Vaikka itse ihottuma ei olekaan vaarallinen voi se liittyä johonkin vakavampaan tautiin tai tilaan (äidillä tai lapsella).

Laaja mustikkamuffini-ihottuma vastasyntyneellä, Pansy et al.
Sairastaminen on (minusta) aina henkilökohtainen prosessi, joka riippuu useista tekijöistä kuten henkilön immuunivasteesta, geneettisistä muutoksista, fysiologiasta ja ympäristöstä - eli sama tauti vaikuttaa eri ihmisiin eri tavalla. Esimerkiksi toinen sairastaa kausi-influenssaa kuukauden ollen koko ajan hieman tukossa ja väsynyt, toisella taas nousee kuume muutamiksi päiviksi, jonka jälkeen helpottaa. Vieressä on kuva lapsesta, jolle mustikkamuffinisyndrooma iski vähän kovempana (eli ns. kun asiat menee päin helvettiä").

Aina oppii uutta ja löytää järkyttäviä kuvia.

Viitteitä:
Diethrich, Arch Klin Chirug 1925;134:166.
Mehta et al., Dermatol Online J 2008; 14 (2) : http://escholarship.org/uc/item/53q852nc
Pansy et al., Arch Dis Child Fetal Neonatal Ed 2015;100:F115: http://fn.bmj.com/content/100/2/F115.long

-Krista

torstai 28. heinäkuuta 2016

Memmun 1. vuosipäivä

Suurennuslasin alla suhteeni BioPeopleen


Ensimmäisen vakkaritekstini kirjoitin 6.8.2015. Eli melkein vuosi sitten. Kuitenkin, koska olen tuolloin reissussa, herkistelkäämme kulunutta vuotta jo nyt ja muistelkaamme taaemmaskin.

Blogi on ollut olemassa jo 2 vuotta! Muistan, kun aluksi seurasin tyttöjen kirjoituksia vierestä ja innoissani tarjouduin kirjoittamaan muutaman vieraskynä-tekstinkin. Halusin panostaa teksteihin ja viilasin niitä rauhassa ajan kanssa (vaikkei ehkä tuloksesta näy :'D). Blogi ehti täyttää vuoden ilman minua. Sitten, kun elämässä piti tulla rauhallisempi ajanjakso eli kotiutuminen Suomeen niin uskalsin sitoutua. Siitä on nyt vuosi. Vaan kuten aina sitoutuessa, alkaa toista salakavalasti pitämään jossain vaiheessa vähän selvyytenä eikä muista panostaa. Tällöin on hyvä ottaa etäisyyttä ja palata miettimään mistä alunperin innostui ja mitä toinen antaa itselle.

Minä innostuin BioPeople-blogista kahdesta syystä: 1) se oli hyvä väylä jakaa neuvoja nuoremmille biokemian opiskelijoille/opiskelua harkitseville ja 2) se oli hyvä väylä popularisoida tiedettä kanssaihmisille. Nyt itseä on harmittanut, kun ei enää näe opiskelijoita, niin ensimmäinen syy on laantunut. Olisi hyvä, jos blogiin saisi nuorempaa näkökulmaa mukaan, varsinkin kun kuviot tuppaavat muuttumaan - katsotaan saadaanko jotain kehiteltyä tämän eteen ;)

Toinen yllä mainittu syy elää yhä, mutta kiinnostavia aiheita on liikaa ja aikaa liian vähän paneutua kunnolla. Itse aina haluan tupla tai tripla varmistaa asiat ennenkuin alan niitä totuuksina laukomaan ja tämä kuluttaa hermoja. Tästä syystä monesti olen ajatellut kirjoittavani asiapitoista tekstiä kuten melatoniinista, mutta ajan vähyyden nimissä päätynyt kevyempiin kirjoituksiin kuten iskurepliikit. Välillä on tullut välimuotoa hajujen aistimisesta, humoristisella otteella.

Yksi uusi motivaation lähde voisi olla toiveet meidän pieneltä lukijakunnalta. Millaisia asioita ihmiset haluavat lukea? Itse koen blogin rikkaudeksi kirjoittajien erilaiset persoonat ja tutkimuskohteet. Toisaalta yhteisiä mielenkiinnonkohteitakin löytyy, kuten vaikka työelämä. Vaan täytyy todeta, että vaikka välillä (varsinkin kesällä) tulee unohdeltua asioita eikä tietokoneella kirjoittaminen nappaakaan ihan kympillä, niin aika hyvin ollaan kerran viikkoon saatu teille jotain lukemista. :) Kyllä minä koen, että tämä blogi porskuttaa omalla painollaan eteenpäin ja tänne mahtuu sekä tiukkaa tieteellistä settiä että vitsikkäistä postauksia. Aina välillä pelkät kuulumisetkin ovat kivoja - minne elämä vie Oulusta/Oulussa biokkeja.

Loppuun vielä analyysi omista aiheista (yhteispostit jätetty pois laskuista, n=13):
*Vieraskynät 23,1 %
*Asiapitoista 46,2 %
      , joista työelämä 15,4 %
      , ja muu asia 30,8 %
*Puoliviihde 15,4 %
*Höpöhöpö-posti 15,4%

Onnistumisprosentti ___%? You decide. Olen melkein puolet ajasta pysynyt omasta mielestäni asialinjalla, jee! Kohti seuraavaa yhteistä vuotta <3
LG, Memmu

torstai 21. heinäkuuta 2016

Henun Back to Stockholm -kuulumiset

Kävi sillä tavalla, että lähdin viime kesäkuussa takaisin Tukholmaan, mutta tällä kertaa vähän pidemmäksi aikaa. Aloitin nyt tohtoriopiskelijana, mutta käytännössä gradulaisena, eli teen lopputyön Oulun yliopistoon Karolinskassa ja valmistun sitten joskus suunnilleen vuoden päästä maisteriksi.

Paluu Tukholmaan on ollut jollain tavoin helpompi, kun tunnen sieltä muutaman ihmisen entuudestaan ja työpaikka on jo tuttu, mutta sanoisin silti, että tämä kesäkuu on tuntunut paljon vaikeammalta, mitä viimevuonna. Isoin juttu on se, että tiedän etten nyt ole palaamassa Ouluun parin kuukauden päästä ja en voi ohittaa kaikkia ongelmia ainoastaan olankohautuksella ja sillä, että tämä on nyt vain väliaikaista. Elämästä voi oikeasti tulla kurjaa, jos en saa ketään kavereita ja on stressaavaa hoitaa kaikkia byrokraattisia juttuja, kuten ID-kortin hankkimista sekä pankkitilien availua. Arkirutiinit on vielä vähän hukassa, kun kaikkeen menee enemmän aikaa, mitä kuvittelen ja yhtäkkiä on jo ilta. Uskon tosin, että pian alkaa helpottamaan.

En voi kuitenkaan sanoa, että minulla olisi ollut mitenkään kurjaa Tukholmassa. Kaupungissa on vielä paljon museoita ja muita paikkoja, joita en ole ehtinyt näkemään. Olen myös viettänyt paljon aikaa yhden maisteriopiskelijan kanssa, joka on samassa ryhmässä minun kanssani. Töissä on muutenkin ollut kivaa, vaikka pieleen menneet kokeet välillä ärsyttääkin. Olen nyt pitänyt pikkuisen kesälomaa ja vieraillut Oulussa, mikä tuli kyllä tarpeeseen :) Lupaan laittaa kuvia ensikerralla (oli pakko ostaa uusi puhelin, että voin pelata Pokemon Go:ta enkä ole vielä saannut siirrettyä vanhoja kuvia).

keskiviikko 13. heinäkuuta 2016

Ninnin matka tietokonenörtiksi alkaa



Nörttiyden ulkoisia merkkejä. Check.
Viimeisen vuoden aikana minulle on usein iskenyt riittämättömyyden tunne. Tämä ei liity siihen, että minulla menisi töissä jotenkin huonosti tai että olisin hukkumassa töihin. Ei, minusta vain tuntuu siltä että aivojeni kapasiteetti ei yksinkertaisesti riitä siihen mitä haluaisin tehdä. Minulla on käytettävissäni valtava määrä tietoa, mutta ymmärryskykyni ei riitä muodostamaan kokonaiskuvaa siitä. Ainakaan siinä määrin kuin minä haluaisin. Juteltuani työkaverini kanssa päädyimme toteamaan, ettei kenenkään ihmisen pääkoppa riitä siihen mitä yritämme tehdä.

Hieman masentava alustus, vai mitä?

Itse en antanut tämän lannistaa. Pelkkä kynä ja paperi ei ole enää vuosikymmeniin riittänyt. Sitä varten meillä on tietokoneet!  Suomessa olemme siitä onnekkaita, että kenenkään projekti ei ihan heti kaadu laskentatehon puutteeseen. Yliopiston tutkijat saavat käyttää ilmaiseksi CSC:n (ent Center for Scientific Computing, nyttemmin Tieteen tietotekniikan keskus) ylläpitämiä tietokoneklustereita. Lisäksi täällä Kuopiossa on Bioinformatiikkakeskus, jonka palveluista täkäläiset voivat käyttää (ironista kyllä, tätä kirjoittaessa en löytänyt heidän nettisivujaan. Lienevät vielä uudistusten kourissa).

Energiajuomaa. Check.
Joten laskentatehoa löytyy, mutta mitä ajan takaa? Tutkimukseni käsittelee monimutkaisia epigeenettisiä ilmiöitä, jotka aivovamma aiheuttaa aivoissa. Haluan yrittää hahmotaa, miten ulkoinen fyysinen tekijä voi muuttaa aivojen biokemiaa niin että potilaalle alkaa kehittyä ns sekundaarisia vaivoja (kirjoitin niistä aiemmin täällä). Tällä hetkellä voimme havannoida lopputulosta useilla eri menetelmillä, käyttäytymistesteillä, immunohistologialla, MRI kuvantamisella, eri molekulaarisilla emnetelmillä jne, mutta näistä saamme vain hajatietoa.  Minä haluaisin tietää miksi ja miten asioita tapahtuu, mutta tämän hetken taidoillani en kykene seulomaan tästä valtavasta informaationmäärästä sitä olennaista.

Vaikka naivi nuori tutkija olenkin, en sentään usko ratkaisevani tätä kaikkea yksin. Minulle riittää jos pystyisin hahmottamaan edes pienen osan siitä mitä tapahtuu. Tätä varten minun täytyisi kuitenkin hallita tietokoneiden käyttö paremmin kuin nyt.

Ylimäärin näyttöjä. Check.
Joten tuumasta toimeen. Kuluvan kesän tavoiteena on opetella ohjelmoinnin alkeita. Aloitin python-ohjelmointikielestä, koska useat ihmiset vinkkasivat että se on aloittelijaystävällisin. Opettelussa käytän apuna kaverilta saatuja ohjelmointikurssin materiaaleja, sekä sivustoa nimeltään learnpython.org. Jälkimmäinen varsinkin yllätti positiivisest. Ohjelmoinnista on ehkä turhaan tehty hirveä mörkö. Kyllähän tämä vaatii kärsivällisyyttä ja pitkää pinnaa, mutta enköhän minä tämänkin opi! Kesä huipentuu elokuussa järjestettävään Machine Learning -kurssiin, mutta siitä sitten myöhemmin enemmän.

Joten tästä se lähtee.

Hello world!

-Ninni, The Wannabe Nerd

perjantai 8. heinäkuuta 2016

Labrakuulumisia

Hei kaikki!

Ajattelin pitkästä aikaa päivitellä vähän työuutisia kun niistä ei ole tullut taas hetkeen praatattua. Tässä siis tiivistetysti mitä tässä olen kevään ja kesän alun hommaillut.

Kirjotus- ja laskuhommia

Välillä syödään! Brunssi med tutkimusryhmä.
Olen kirjoittanut melkein päivittäin jotain, mutta systemaattinen katsausartikkeli ei ole kyllä juurikaan edennyt. Ihan siitä syystä, että, ylläri pylläri, olen kirjoittanut aivan kaikkea ja muuta.  Muunmuassa kymmenkunta labraohjetta itselle ja muille, yhtä manuskaa (siitä lopuksi), hakemuksia, labrapäiväkirjaa ja ison läjän maileja. Tällä hetkellä tuntuu, että kaikki muu etenee, mutta ei tuo syst. revari.

Olen myös päässyt tutustumaan SPSS-ohjelmaan (IBM:n tekemä tilasto-ohjelma), tai vaihtoehtoisesti joutunut. Tunne on sama kuin silloin kun kokeilin ensimmäisen kerran Exceliä: Aina alun "Ei mitä helvettiä, miten tän on tarkotus toimia..."-ajatuksista siihen "JES!"-huudahtukseen kun oikeesti saat tehtyä sen mitä pitikin ja vielä ymmärrät, että miten teit sen. Ja analyyseja sataa tulemaan (yleensä SPSS tekee enemmän analyyseja kuin halusit ja tulee valinnanvaikeus). Ainoa mitä SPSS:llä ei kyllä välttämättä kannata tehdä on kuvaajat, koska... no, on ne nyt vaan kämäsiä. Näyttää siltä kuin olisivat tehty kultaisella 80-luvulla.

Labrakokeita

Kevään aikana olen päässyt taas labrahommienkin makuun. Olen jonkin verran tehnyt ihan vanhoja tuttuja soluviljelyn koeasetelmia (mm. Transwell-invaasiokoetta), mutta sitäkin enemmän olen tehnyt näitä tuttuja kokeita aivan uusilla asetelmilla sekä päässyt testaamaan meille uusia menetelmiä. Labrapäivät on yleensä ollu pitkiä ja uuvuttavia, mutta oon ollut järkiään iloinen näistä kokeista, koska A) kokeet ovat olleet teknisesti onnistuneita enkä ole rikkonut mitään (tietääkseni) ja B) osaa alustavia tuloksia katsoessa tulee se tunne, että nyt ollaan jännän äärellä.  Uuh.

Lisäksi meillä on kesäharjoittelijana tällä hetkellä Toni (tuttavallisesti biokemisteille Sane), joka laitettiin minun ohjattavakseni, koska biokemia (oletettavasti, asiaan saattoi myös vaikuttaa se, että lähes kaikilla muilla ryhmäläisillä on jo joku ohjattava). En oo ikinä aiemmin kunnolla ohjannu ketään labrahommiin joten "hieman" jännitti, as in en meinannut saada nukahdettua edellisenä iltana kunnolla (todella harvinaista näillä mun unenlahjoilla). Hyvin on kuitenki menny, Sane on vielä hengissä ja tuloksiakin on jo saatu joten all good. Ja pääsen samalla sivusta tekemään juttuja myogeelin kanssa (lue TÄÄLTÄ lisää myogeelistä jos kiinnostaa), mikä on myös kivaa, jännää ja erilaista.

Konferenssimatkoja ja kursseja

Kesäkuun puolen välin tuntumilla pyörähdin myös Finnish Cancer Instituten kaksipäiväisessä symposiumissa Jyväskylässä. Symposium järjestettiin teemalla Cancer and the Immune System, eli ihan ei osunut aihealue täysin omien intressien ja tietotaitojen ytimeen, mutta pidin matkaa silti opettavaisena. Oli hyvä päästä näkemään tuloksia ja kuulemaan puheita eri puolilta maapalloa ja "seinän molemmilta puolilta" eli sekä tutkijoilta (niiltä, jotka värkkää päivät pitkät labrassa) että hoitavilta lääkäreiltäkin (niiltä, jotka värkkää päivät pitkät potilaiden kanssa). Jos ei muuta niin PD1 ja PDL1 sekä Immunoscore tulivat tutuiksi ja olipa muutamaan puheeseen pujahtanut soluväliaineskin mukaan. Tapahtuma oli myös hyvin järjestetty ja aikataulussa pysyttiin yllättävän hyvin. Ja onhan Agora (Jyväskylän yliopiston yksi kampus) aivan huikealla paikalla Jyväsjärven rannalla ja arkkitehtuuriltaan komea pytinki. Hauska uutuus oli  symposiumin aikana ylläpidetty "viestiseinä", johon pystyi twiittaamaan tai tekstiviestilöimään oman kysymyksensä ja kommenttinsa puheiden aikana. Hieno idea!

MD Colin Dinney kertoo virtsarakon syövästä, kuva FCI:n twitter-tililtä. Oikealla näkyy myös viestiseinä!
Elokuun lopussa onkin tarkoitus sitte lähtä Norjaan, Tromssaan opiskelemaan vähän lisää yleisesti syöpäjutuista. Siellä järjestetään kahden viikon (10 ETCS) kurssi aiheella Molecular and Clinical Aspects of Cancer. Kurssille piti hakea, mutta sinne pääsee aika vapaasti jos vain oma työ tai opinnot liittyvät syöpiin (eli kaikkea onkologeista syöpätutkijoihin ja väikkäriopiskelijoihin). Sain jo tiedon että pääsin kurssille, ilmoittautuminen paikallisen Weboodin kauttakin on hoidettu ja majoitus pitäis olla selvä joten nyt ei tarvi miettiä enää kuin matkustamista, käytännön asioita kuten syömistä ja sitä että pitäiskö sitä vähä kierrellä ja katsella maisemia nyt ku kerran matkaan lähtee (Tromssa on turistikaupunki eli nähtävää ja koettavaa löytyy, joskin hinnat ovat sen mukaiset). Jee :)

Such PhD student, much wow 

Ainiin, sain vihdoin ja viimein haettua sitä virallista opinto-oikeutta ja sainkin sen sitte kohtuulliseen nopeasti (reilussa kuukaudessa). Eli ihan papereissakin olen nyt PhD student (ollut jo jonkin aikaa) eli leikillisesti ehta labraorja. Lähinnä tämä auttaa apurahojen ja muiden vastaavien hakemisessa. Ja näyttää hyvältä papereissa. Ja pääset selittämään sukulaisille mitä väitöskirjan tekeminen käytännössä tarkoittaa ("Kyllä, se on teoriassa opiskelua, mutta käytännössä työntekoa").

Ja lopuksi

Eka meikäläisenkin nimellä varustettu manuska eli manuscript eli käsikirjoitus lähti lehteen! JEE ja hylsyä odotellessa :D Kaikille tämä asia ei varmaan aivan aukea, mutta voisin kyllä joskus vähän avata tätä tutkimus-tulosten julkaisemisprosessia läpi tarkemmin.

Ei tähän hätään muuta uutta,
Krista