maanantai 29. tammikuuta 2018

Hohtavan salaatin tarina

Törmäsin erikoiseen uutisiin Ilta-Sanomien sivuilla menneellä viikolla (link link):

Magnuksen katkaravut alkoivat loistaa – jopa kinkku voi valaista itsensä

Pienen biokemistin mieli tietenkin alkaa ensimmäisenä hokemaan sanoja: Lusiferaasi-entsyymi! Bioluminesenssi! Nämähän on tuttuja molekyylibiologian labroista. Bioluminesenssi on siis elävien olentojen ominaisuus eli biologista valontuotantoa. Eniten sitä hyödyntävät jotkin syvän meren olennot, levät, bakteerit sekä sienet ja kiiltomadot eri tarkoitukseen - esimerkiksi kiiltomatonaarat houkuttelevat valollaan paikalle uroskiiltomatoja parittelua varten. 

Onko sitten vaarallista syödä jääkaapissa hohkaavia katkarapuja? No, kuten uutisjutussa Eviran ylitarkastajakin toteaa: Tuskinpa vaarallista, mutta ruoka voi olla pilaantunutta muutenkin jos siinä ovat päässeet lisääntymään myös fluoresoivat pieneliöt. Toisaalta hohtava katkarapu voi olla hyvä, spooky lisä Halloween-teemaiseen drinkkiin tai ruokaan!

Ensimmäinen hohtava ruoka tämä ei kyllä ole. Oulussakin tähän on törmätty aiemmin kun oululaisen Saaran graavilohi alkoi hohtaa (link link). Lisäksi Tieteen Kuvalehden sivuilta löytyy hyvä juttu ja video hohtavista sienistä (link link). Suomalaisissakin metsissä voi törmätä hohtaviin satusieniin, sillä pohjanmesisieni sekä nuijamesisieni voivat molemmat tuottaa biologisesti valoa. Jännittävää!

Hei mekin (plankton) loistetaan! Kuva: National Aquarium.
PS. GFP eli green fluorescent protein on vähän eri asia, siinä tämä tietty proteiini hohtaa vihreää valoa kun sitä valaistaan ultraviolettivalolla. Eli tällöin ei ole kyse kemiallisen prosenssin aiheuttamasta valosta. Sekin lasketaan kyllä (sekundääriseksi) bioluminesenssiksi.

sunnuntai 29. lokakuuta 2017

Punainen ja vihreä, tieteen värit?

"Kulta, katoppa tätä kuvaa. Mille se näyttää susta?"
*syvä hiljaisuus ja kulmien kurtistelua*
"..Äämmm-m... Pitäiskö siinä näkyä jotain?"

Kyseenomainen kuva on esitetty alla.

Hiiren fibroplasteja, Leica/Dr. Günter Giese, Max Planck Institute for Medical Research, Heidelberg, German.


Jep jep, normipäivä punavihersokean kanssa eläessä. Pro tip: Älä pyydä mielipiteitä punainen-vihreä-ruskea-akselin värisistä vaatteista, et saa niitä kuitenkaan. Mutta onhan tässä se hyväkin puoli, että tulee tajunneeksi miten eri tavalla (kirjaimellisesti) tietyt arkisetkin asiat voi nähdä - liikennevalot, sateenkaaret ja revontulet nyt vaikka esimerkiksi. Ja samalla tajuaa, että puna-vihersokeat solubiologit lienee aika harvassa, yllä näytetyn kuvan kaltaisesta tilanteesta johtuen. Nuo kun taitaa olla sovittu että tubuliini on aina kuvattu punaisella, aktiini vihreällä ja tumat sinisellä. Omanlaisensa standardi siis. 

Mutta jäin silti miettimään että miksi näin on. Keksin hyvän ehdotuksen ja yhden huonon. Looginen ehdotus on se, että ensimmäiset löydetyt fluoresoivat väriaineet/materiaalit sattuivat emittoimaan valoa vihreän värin aallonpituudella; puhun nyt FITC:stä (fluorescein isothiocyanite, fluorescein on löydetty alunperin 1871) ja GFP:sta (green fluorescent protein, eristetty melkein vuosisata myöhemmin vuonna 1962 A. victoria-meduusasta). Näistä tuli myöhemmin yhdet käytetyimmistä fluoresoivista väriaineista biotutkimuksen puolella. Mutta toki tutkittavasta asiasta haluttiin myös värjätä jotain muuta ja mikä erottuisikaan paremmin yhdestä väristä kuin sen vastaväri. Vihreän vastaväri kun on punainen niin luonnollisest pyrittiin kehittämään punainen fluoresoiva väriaine. Näin siis ollan päädytty vihreän ja punaisen värin käyttämiseen myös muilla tutkimuksen aloilla kuin pelkästään mikroskopiassa - tai näin ainakin teorisoin. 

Tai sitten joku entisaikain tutkija on halunnut tehdä källin puna-vihersokealle kollegalleen ja kehitteli siksi juuri tämän väriset fluoresoivat väriaineet. Mjaa, ehkei kuitenkaan. 

Muita hyviä/huonoja ehdotuksia? :)

Nykyäänhän värejä on jo huomattavasti enemmän, tsekatkaa vaikka Roger Tsienin (kyllä, se nyt jo edesmennyt nobelisti) labran kotisivut TÄÄLTÄ. On muute aika herkullisen keltainen tuo mBanana.

Ja hieman lisätietoa fluoresoivien värien historiasta saat TÄSTÄ esityksestä.

maanantai 14. elokuuta 2017

Tietoa suomalaisten aivovammoista



Pitkästä aikaa pitää kirjottaa omiin töihin liittyen. Minulle iskettiin ennen kesälomia haaste: väittele ennen ensi vuoden loppua! Huh-huh. Ehkä tämä tarkoittaa, että tänä vuonna viimeinkin lähtee loputkin artikkelit eteenpäin. Tämä myös tarkoittaa, että pitää ryhtyä pikkuhiljaa kirjoittamaan itse kirja. Kirjallisuuskatsauksesta on hyvä aloittaa, koska muut osiot voivat muuttua sen mukaan, mitä päätämme julkaista väitökseen liittyvissä artikkeleissa ja mikä jää joko myöhemmin julkaistavaksi tai pelkästään kirjaan tulevaksi. Olen jo jonkin aikaa kerännyt artikkeleita talteen sitä varten, ja ajattelin tässä jakaa mietteitä mielenkiintoisimmista. 

Uskokaa tai älkää, minä katson huvikseni vapaa-ajallani potilaista tehtyjä tilastoja. Vastaan tuli artikkeli, jossa Koskinen&Alaranta nimiset tutkijat tekivät katsauksen Suomalaisten aivovammapotilaiden tietoihin. Tämä on harvinaista herkkua, koska muuta maailmaa harvemmin kiinnostaa lukea yksittäisen maan ongelmista. Olen kuitenkin suomalainen aivovammatutkija suomalaisessa yliopistossa, joten haluan väitöskirjaani edes vähän tietoa Suomen tilanteesta. 

Olen pitänyt sen verran monta posteriesitystä, että seuraavat tiedot tulevat selkärangasta: Kansainvälisistä tutkimuksista tiedetään, että Euroopassa aivovamman saa joka vuosi 2.5 miljoonaa ihmistä, joista 75 000 kuolee sen seurauksena. Nuorilla aikuisilla aivovamma on suurin kuoleman tai vammautumisen syy. Miesten riski saada aivovamma on kaksi kertaa suurempi kuin naisilla. Ehdottomasti suurimmassa riskissä ovat vanhukset, jotka myös saavat vakavampia vammoja ja joutuvat viettämään pitemmän aikaa sairaalassa. Suurimmat aivovamman aiheuttajat ovat liikenneonnettouudet sekä kaatuminen/putoaminen (englannin ”falling” viittaa molempiin. Nämä on niputettu kaikkialla yhteen.)

Mutta mitenkäs Suomessa? Koskinen&Alarannnan tutkimusaineisto kattoi kaikki aivovamman vuoksi sairaalaan päätyneet potilaat vuosilta 1991-2005. ”Aivovammaksi” luettiin aivotärähdykset, kallonmurtumat, sekä pään mustelmat ja verenvuoto. Näistä aivotärähdys oli kaikein yleisin syy sairaalakäynnille. 

Ensimmäisenä kiinnostaa tietenkin aivovammojen määrä ja kuolleisuus. Vertailun vuoksi laitan tähän vielä artikkelissa mainitut tiedot USA:sta ja Euroopasta yleisemmin:


USA
Eurooppa
Suomi
Aivovammoja yhteensä / 100 000 ihmistä
403,1
235
101
Kuolleisuus / 100 000 ihmistä
18,1
15,4
18,1

Näyttäisi siltä, että joko suomalaiset eivät raportoi kaikkia aivovammoja, tai sitten niitä sattuu muuta maailmaa vähemmän. Kuolleisuudessa olemme kuitenkin valitettavasti muuta Eurooppaa edellä. Meillä miesten riski saada aivovamma oli vain 1.42-1.49 kertainen naisiin verrattuna. Kyseenalaista tasa-arvoa?  Miehet kuolevat naisia todennäköisemmin aivovamman seurauksena. Jännä kyllä, naisten sairaalareissut olivat kuitenkin keskimäärin 1,2 päivää pitempiä kuin miesten. Mitenkähän on, toipuvatko miehet nopeammin, vai ovatko naiset vain huolestuneempia tilastaan? Tai ehkä pitempi sairaalareissuun johtavat vammat ovat naisilla tasaisemman vakavia, kun taas miehet saavat enemmän joko naisia lievempiä tai suoraan kuolemaan johtavia tärskyjä.

Ikäjakauma oli hyvin samantyylinen kuin maailmalta tiedetään. Suurimmassa riskissä olivat yli 70 vuotiaat, kun pienin riski on 30-39 vuotiailla. Poikkeavaa on, että suomalaisilla miehet ovat joka ikäryhmässä suuremmassa riskissä kuin naiset. Olisi mielenkiinstoista tietää kuinka paljon alkoholilla on osuutta asiaan...
.

Suurimmat aivovamman aiheuttajat ovat kaatumiset/putoamiset sekä liikenneonnettomuudet, kuten muuallakin maailmasssa (Viereisessä kuvassa toisen artikkelin tilastointia syistä). Erona esimerkiksi USA:han kuitenkin on, että kaatumiset/putoamiset ovat Suomessa yleisin syy joka ikäryhmässä, kun taas rapakon takana liikenneonnettomuudet ovat yleisempiä ikävälillä 10-54 vuotta. Kaatumiset jakautuvat aika luonnollisesti niin, että kaatumisia tapahtuu enemmän hyvin nuorille ja toisaalta vanhoille. Tähän väliin pitää huomauttaa, että pieni lapsi toipuu isoistakin tärskyistä suorastaan ilmiömäisen hyvin, kun taas vanhoilla ihmisillä toipuminen on hitaampaa. 


Koskinen&Alaranta antaa muuten mielenkiintoista nippelitietoa. Ensinnäkin suurin osa kaatumisista/putoamisista tapahtuu siten, että henkilö kaatuu/putoaa alle metrin korkeudelta. Kiipeilläänkö Suomessa näin ahkerasti tuoleille? Toisekseen, liikenneonnettomuuksien takia sairaalaan joutuneet olivat lähes yhtä usein pyöräilijöitä kuin autoilijoita. Kannattaa siis käyttää kypärää!

Loppuun vielä pakollinen kissakuva. Tätä kaveria ei haitannut hypätä kolmannen kerroksen parvekkeelta. Omistaja sai enemmän vammoja sydämmentykytyksesta kuin tämä karvapallo putoamisesta:




Lähteet:
Yleistä tietoa aivovammoista Euroopassa: https://www.center-tbi.eu/
Artikkelit:
Sanna Koskinen & Hannu Alaranta. Traumatic brain injury in Finland 1991-2005: A nationwide register study of hospitalized and fatal TBI. Brain injury, March 2008; 22(3): 205-214
Alaranta H, Koskinen S, Turkka J. Tapaturmainen aivovaurio ei ole harvinainen. Suomen Lääkäril 2002;57:4801-4